(一)綜合科。負責文電、檔案、后勤等日常協調、運轉工作,承擔黨的建設、督查督辦、人事管理和考核、資金和財務管理、生態環境保護宣傳教育及科普等工作。
(二)環境綜合管理科。負責生態環境保護綜合性規劃、生態環保督察、生態文明體制改革、生態環境科技發展、環境安全和應急、生態環境損害賠償等工作。
(三)水環境管理科。負責水環境、土壤環境管理,固體廢物、化學品及重金屬等污染防治工作,承擔高新區河長辦公室日常工作。
(四)大氣環境管理科。負責大氣、機動車、噪聲、光、惡臭等污染防治的監督管理。負責核與輻射安全的監督管理,承擔大氣重污染天氣應急相關工作。
(五)水資源管理科。負責水資源管理、水資源評價、水資源保護規劃、河道管理、調水、節約用水、生態流量水量管理以及水系連通規劃工作,負責水土保持監督和水文工作,承擔水旱災害防御工作。
(六)行政許可服務科。負責生態環境和水利行政許可事項審批服務,負責應對氣候變化、污染物總量管控、環保“三同時”管理工作,承擔政務接件大廳工作。
(七)生態環境監測科(站)。承擔區域生態環境質量監測、污染源監督性監測、執法監測、突發環境污染事件應急監測、溫室氣體監測;負責評估區域生態環境質量并進行預測預警;負責生態環境統計工作。